La Administración debe motivar en la comunicación de inicio de un procedimiento de comprobación de valores, - cualquiera que sea la forma en que se inicie conforme al artículo 134.1 de la LGT y el medio de comprobación utilizado-, las razones que justifican su realización y, en particular, la causa de la discrepancia con el valor declarado en la autoliquidación y los indicios de una falta de concordancia entre el mismo y el valor real.
Si las autoliquidaciones comportan una carga para el administrado, favorecida legalmente por la presunción del artículo 108.4 LGT, la Administración correlativamente debe justificar, antes de comprobar, que "hay algo que merezca ser comprobado, esto es, verificado en su realidad o exactitud por ser dudosa su correspondencia con la realidad. En este caso, tiene que justificar por qué no acepta el valor declarado".
El Supremo completa su doctrina, fijada en la sentencia de 23 de mayo de 2018 (recurso de casación num. 4202/2017) (LA LEY 63113/2018), en cuanto a la necesidad de que la Administración justifique, antes de comprobar, las razones por las que, a su juicio, el valor declarado no se corresponde con el valor real, es de aplicación a todas las comprobaciones de valores, cualquiera que sea el método utilizado por la Administración.
Añade que esta obligación de motivación que se impone a la Administración, no desaparece ni se diluye dependiendo del método de comprobación empleado, al contrario, la exigencia de motivación impuesta a la Administración deriva de la presunción de certeza de la que gozan las autoliquidaciones tributarias y tampoco puede hacerse depender el cumplimiento de este requisito de la forma de inicio del procedimiento de comprobación, pues bien se inicie mediante una comunicación de la Administración, o bien, en caso de que se cuente con datos suficientes, mediante la notificación conjunta de las propuestas de liquidación y valoración a que se refiere el art. 134 de la LGT, en ambos casos se deberá hacer constar las razones por las que se considera que el valor declarado por el contribuyente en su autoliquidación, que la ley presume cierta, no se corresponde con el valor real.
En el caso, yerra la sentencia impugnada al considerar que el deber de motivación no resulta exigible solo por el hecho de que la comprobación de valores se ha efectuado mediante dictamen de perito de la Administración, pero matiza la Sala que aun siendo es cierto que sólo justificando razones para la comprobación, es posible desencadenar ésta, la consecuencia de la omisión no es automáticamente la anulación de la liquidación practicada, como se pretende sin más por la parte recurrente, porque ello dependerá también de la actuación que haya desplegado en la instancia a fin de justificar que la omisión denunciada no se ha situado en un plano puramente formal.
En el caso, el método de comprobación utilizado por la Administración -dictamen de peritos- es un medio que, por sus propias características, resulta apto e idóneo; la valoración practicada por la Administración no carece de la necesaria individualización, imprescindible para alcanzar el valor real del bien transmitido, que constituye la base imponible del impuesto examinado, y la parte recurrente en la instancia no propuso la práctica de ninguna prueba en el proceso, solicitando expresamente que el recurso se fallara sin necesidad de recibimiento a prueba, circunstancias todas ellas que permiten afirmar que la falta de motivación se sitúa en un plano puramente formal.