En la medida en que los pagos fraccionados son obligaciones autónomas, la propia naturaleza del pago conlleva que la solicitud de rectificación para la devolución de ingresos indebidos, deba referirse a la autoliquidación de la fracción en la que se realizó el ingreso, y no a la de la autoliquidación anual del impuesto, y por esta mecánica es por lo que la solicitud de rectificación para la devolución de ingresos indebidos sí sirve para la interrupción del plazo de prescripción.
Analiza el TEAC un caso en el que la solicitud de rectificación de las autoliquidaciones por el concepto del pago fraccionado del 2T del ejercicio fue presentada una vez transcurrido el plazo de cuatro años, por lo que habría prescrito el derecho a instar la solicitud de rectificación de dichas autoliquidaciones, pero centra la cuestión en si la presentación de la declaración modelo 200 relativa al IS del mismo ejercicio tiene efectos interruptivos de la prescripción, al haberse minorado del importe de la cuota a ingresar los pagos fraccionados, por lo que dicha inclusión equivaldría a un acto fehaciente que interrumpiría la prescripción.
La consignación en la declaración del Impuesto sobre Sociedades de los importes ingresados en concepto de pagos fraccionados en cada ejercicio no puede entenderse como una actuación fehaciente del obligado tributario que pretenda la devolución de dichos pagos a cuenta. La autoliquidación del Impuesto sobre Sociedades no es una solicitud de devolución de pagos fraccionados.
Los pagos fraccionados del Impuesto sobre Sociedades son entregas a cuenta de la liquidación del Impuesto futuro que se efectúan en los primeros 20 días naturales de los meses de abril, octubre y diciembre. Pero lo relevante es que son obligaciones de carácter autónomo respecto de la obligación tributaria principal, que se materializa en la presentación de la declaración del Impuesto sobre Sociedades en el plazo de los 25 días naturales siguientes a los 6 meses posteriores a la conclusión del período impositivo, pero conforme a la mecánica del IS, y a efectos de la devolución no se tiene en cuenta cuándo se ingresaron los correspondientes pagos fraccionados, porque lo que se devuelve no es el pago fraccionado sino el resultado de la autoliquidación, que es una deuda tributaria distinta y autónoma.